正确答案 ：C

解析

人文常识。
A项正确，军机处是清朝官署名，也称“军机房”、“总理处”，是清朝时期的中枢权力机关，于雍正七年（1729年）因用兵西北而设立。
B项正确，秦始皇设立三公九卿制度，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，汉朝时期中央沿用三公九卿制，汉景帝改了大量官名。
C项错误，宣政院，初名总制院，是元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
D项正确，内阁设立于明朝，明太祖朱元璋时忌大臣权重，设华盖殿、谨身殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁等殿阁大学士，为皇帝顾问，协助皇帝办理政务。明成祖朱棣时，始称为内阁，此后，内阁专任批答奏章，权任渐重，成为皇帝的最高幕僚兼决策机关。
本题为选非题，故本题答案为C项。